划拨、出让和集体土地上的厂房企业在评估时主要区别在于土地使用权的性质、使用期限、市场价值以及相关税费等方面。

土地使用权性质

划拨土地是指由国家无偿提供给单位或个人使用的土地，其使用权一般没有明确的期限限制。而出让土地则是指通过支付一定费用从国家手中取得的土地使用权，通常有明确的使用年限，如工业用地一般为50年。集体土地则归农村集体经济组织所有，企业和个人可以通过租赁等方式获得使用权，但不能直接进行买卖。

使用期限

对于出让土地来说，其使用期限是有限制的，在达到规定年限后需要续期或者重新申请；而划拨土地虽然没有固定期限，但如果政府出于公共利益考虑可以收回该地块。集体土地上建立的企业往往面临着更加不确定的风险，因为其使用权依赖于与当地村委会等机构签订的协议，并且这种安排可能随时发生变化。

市场价值

由于出让土地具有更稳定的法律地位及更长的使用期限，因此在市场上通常能够获得更高的估值。相比之下，划拨土地由于缺乏流动性（即难以转让），其市场价值相对较低。至于集体土地，则因其产权关系复杂，市场价格波动较大，具体还要看地理位置等因素的影响。

相关税费

在涉及交易时，不同类型的土地产权将面临不同的税负情况。出让土地在转让过程中需缴纳增值税、土地增值税等；而对于划拨土地而言，如果要转为出让性质，则还需补缴相应的土地出让金。集体土地上设立的企业在运营期间还可能遇到额外的地方性收费项目。

总结建议:

企业在选择土地类型时应综合考虑自身需求和发展规划，对于长期稳定经营且资金充裕的企业来说，购买出让土地可能是更好的选择；而对于初创公司或是短期项目，则可以考虑利用划拨或集体土地以降低成本。同时也要注意了解当地政策法规，确保合法合规地开展经营活动。